Sep 10-11, 2018
4:00 pm - 7:00 pm
Instructores: Verónica Jimenez, Daniela Ledezma, Delfino García, Heladia Salgado
Ayudantes Pablo Peña Loredo, Oscar Gabriel Caballero Martínez, Gabriel Martínez Posadas, Daniel Bustamante Martínez, Shirley Alquicira H.
El taller de Introducción a Unix y R aplicado a la Bioinformática es ORGANIZADO por
CONRICYT en el Seminario ENTRE PARES 2018 y en éste séptima edición,
el Nodo Nacional de Bioinformática NNB-UNAM fue invitado a participar
para dar éste taller.
Los profesores del NNB-UNAM estan certificados como profesores Carpentry
Software Carpentry tiene como objetivo ayudar a los investigadores a realizar su trabajo en menos tiempo y con menos dolor al enseñarles habilidades básicas de informática de investigación.
Este taller práctico cubrirá los conceptos y herramientas básicos de Unix y R. Se alentará a los participantes a ayudarse mutuamente y aplicar lo que han aprendido a sus propios problemas de investigación.
Para más información sobre lo que enseñamos y por qué, por favor mira nuestra publicación "Best Practices for Scientific Computing".
Quién: El curso está dirigido a estudiantes de posgrado y otros investigadores. No es necesario que tenga ningún conocimiento previo de las herramientas que serán presentadas en el taller.
Dónde: Complejo Cultural Universitario Benemérita Universidad Autónoma de Puebla. Obtener direcciones con: OpenStreetMap o Google Maps.
Cuándo: Sep 10-11, 2018. Add to your Google Calendar.
Requerimientos: Las asistentes deben traer una computadora portátil con sistema operativo Mac, Linux o Windows (no tablet, Chromebook, etc.), que tenga permisos de administradora habilitados. Deben tener algunos paquetes de software específicos instalados (listados aquí). También es requerido que respeten el Software Carpentry's Código de Conducta.
Contacto: Por favor escribe a contacto.nnb@gmail.com para más información.
| 16:00 | La terminal de Unix |
| 18:00 | Break |
| 18:15 | R para análisis científicos reproducible, parte 1 |
| 20:00 | Cierre |
| 15:30 | continuación ... R para análisis científicos reproducible, parte 1 |
| 17:30 | Break |
| 17:45 | R para análisis científicos reproducible, parte 2 |
| 19:20 | Anuncio NNB-TIBs |
| 19:30 | Cierre |
ggplotdplyr y plyrPara participar en un taller de Software Carpentry , necesitarás acceso a algunos de los programas descritos abajo. Además, necesitarás un navegador actualizado.
Mantenemos una lista de problemas comunes que ocurren durante la instalación como referencia para los instructores que pueden ser útiles en la Configuration Problems and Solutions wiki page.
Bash es una de las terminales más frecuentemente utilizadas, que te permite realizar tareas simples de forma rápida.
La terminal por defecto en todas las versiones de macOS es Bash, así que no es necesario instalar nada. Puedes acceder a Bash desde la Terminal (se encuentra en
/Applications/Utilities).
Puedes ver el video tutorial de instalación de Git a modo de ejemplo de cómo abrir la Terminal.
Puede que quieras mantener la Terminal en tu dock para este taller.
La consola por defecto es generalmente Bash, pero si tu máquina está configurada de forma distinta puedes ejecutarla abriendo una terminal y escribiendo bash. No hay necesidad de instalar nada.
Si accidentalmente encuentras dificultades, prueba typing la tecla
escape, seguido por :q!(colon, olon, lower-case 'q',
exclamation mark),
...
Cuando estás escribiendo código, es bueno tener un editor de texto que sea
optimizado para escribir código, con características como automático
código de color de las palabras clave. El editor de texto predeterminado en macOS y
Linux usualmente se establece en Vim, que no es famoso por ser
intuitivo. Si accidentalmente te encuentras atascado en él, intenta
escribiendo la clave de escape, seguido de : q! (dos puntos, minúscula 'q',
signo de exclamación), luego presionando Volver para regresar al intérprete de comandos.
nano es un editor básico y el predeterminado que usan los instructores en el taller. Para instalarlo, Descargas el Software Carpentry Instalador de Windowns y doble click en el archivo para correrlo. Esta instalación requiere una conexión a Internet.
Otros editores que puedes usar son Notepad++ or Sublime Text. Ten en cuenta que debes agregar tu directorio de instalación a la ruta del sistema. Por favor, Pídele a tu instructor que te ayude a hacer esto.
nano es un editor básico y el predeterminado que usan los instructores en el taller. Mira la instalacion de Git video tutorial Para un ejemplo sobre como abrir nano. Debe estar preinstalado.
Otros editores que puedes usar son Text Wrangler or Sublime Text.
nano es un editor básico y el predeterminado que usan los instructores en el taller. Para instalarlo,
Otros editores que puedes usar son Gedit, Kate or Sublime Text.
R es un lenguaje de programación especialmente poderoso para exploración de datos, visualización y análisis estadístico. Para trabajar con R, usamos RStudio.
Instala R descargando e instalando este archivo .exe desde CRAN. Además, instala el entorno de desarrollo integrado, en inglés Integrated Development Environment (IDE) RStudio. Ten en cuenta que si tienes cuentas separadas de usuario y administrador, debes correr los instaladores como administrador (haz click derecho en el archivo .exe y selecciona "Ejecutar como administrador" en lugar de hacer doble click) De lo contrario pueden ocurrir problemas, por ejemplo, cuando instales paquetes de R.
Instala R descargando e instalando este archivo .pkg desde CRAN. Además, instala el entorno de desarrollo integrado, en inglés Integrated Development Environment (IDE) RStudio.
Puedes descargar los archivos binarios para tu distribución
desde CRAN. O
puedes usar tu administrador de paquetes (por ejemplo: para Debian/Ubuntu
corre sudo apt-get install r-base y para Fedora corre
sudo dnf install R). Además, por favor instala el entorno de desarrollo integrado,
en inglés Integrated Development Environment (IDE)
RStudio.